羊胚胎素细胞活化治疗是一种通过生物/生理诱导机制而产生作用的治疗, 因此它不适宜在病人患有急性疾病的时候使用, 具体包括以下禁忌症：
- 所有急性感染和炎症性过程
- 对动物蛋白有特殊的过度敏感性
- 机体某部分器官处于失代偿期 （尤其是, 肝功能不全失代偿期伴肝硬化和门静脉高压, 心功能不全失代偿期, 肾功能不全）
- 患有变态反应性炎性疾病 及其它免疫系统性原因不明的疾病
- 甲状腺机能亢进
- 严重的高血压
- 孕期妇女（建议在产后6个月以后进行治疗）
- 肿瘤患者（无数据表明治疗会对肿瘤产生负面影响，但我们不建议肿瘤患者在未根除前进行该项治疗）